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分子雜交基因探針根據(jù)標記方法不同可粗分為放射性探針和非放射性探針兩大類，根據(jù)探針的核酸性質(zhì)不同又可分為DNA探針，RNA探針，cDNA探針，cRNA探針及寡核苷酸探針等幾類，DNA探針還有單鏈和雙鏈之分。下面分別介紹這幾種探針。

（一）DNA探針
　　是zui常用的核酸探針，指長度在幾百堿基對以上的雙鏈DNA或單鏈DNA探針。現(xiàn)已獲得DNA探針數(shù)量很多，有細菌、病毒、原蟲、真菌、動物和人類細胞DNA探針。

（二）cDNA探針
　　cDNA（complementaryDNA）是指互補于mRNA的DNA分子。cDNA是由RNA經(jīng)一種稱為逆轉(zhuǎn)錄酶（reversetranscriptase）的DNA聚合酶催化產(chǎn)生的，這種逆錄酶是Temin等在70年代初研究致癌RNA病毒時發(fā)現(xiàn)的。該酶以RNA為模板，根據(jù)堿基配對原則，按照RNA的核苷酸順序合成DNA（其中U與A配對）。

（三）RNA探針  

RNA探針是一類很有前途的核酸探針，由于RNA是單鏈分子，所以它與靶序列的雜交反應(yīng)效率*。早期采用的RNA探針是細胞mRNA探針和病毒RNA探針，這些RNA是在細胞基因轉(zhuǎn)錄或病毒復(fù)制過程中得到標記的，標記效率往往不高，且受到多種因素的制約。

（四）寡核酸探針
　　前述三種探針均是可克隆的，一般情況下，只要有克隆的探針，就不用寡核苷酸探針。在DNA序列未知而必須首先進行克隆以便繪制酶譜和測序時，也常應(yīng)用克隆。克隆探針一般較寡核苷酸探針特異性強，復(fù)雜度也高，從統(tǒng)計學(xué)角度而言，較長的序列隨機碰撞互補序列的機會較短序列少，克隆探針的另一優(yōu)點是，可獲得較強的雜交信號，因為克隆探針較寡核苷酸探針摻入的可檢測標記基因更多。但是，較長的探針對于靶序列變異的識別能力又有所降低。對于僅是單個堿基或少數(shù)堿基不同的兩序列，克隆探針不能區(qū)分，往往雜交信號相當。這既是其優(yōu)點，又是其缺點。優(yōu)點是當用于檢測病原微生物時，不會因或細菌DNA的少許變異而漏診，缺點則是不能用于點突變的檢測。這種情況下，通常要采用化學(xué)合成的寡核苷酸探針。